იმავე წელს ქართლ-კახეთმა უკანასკნელი ხარკი გადაუხადა ირანს. თეიმურაზ II -სა და ერეკლე II–ის ძალაუფლება სულ უფრო იზრდებოდა. მათ მფარველობა სთხოვეს ერევნის, განჯისა და ნახიჩევანის ხანებმა. მამა–შვილმა ჭარის შემოერთებაც გადაწყვიტა, რადგან ჭარი ქართული ტერიტორია იყო და თანაც მისი დაკავებით დაღესტნელთა შემოსევების ალაგმვა გაცილებით გაიოლდებოდა. შაქი–შარვანის ხანის აჯი–ჩალაბის ღალატის გამო ქართველებმა 1751 წელს მარცხი იწვნიეს. თეიმურაზსა და ერეკლეს კიდევ ახალი მოწინააღმდეგე გამოუჩნდათ სამხრეთ ადარბადაგანის (აზერბაიჯანის) მფლობელის აზატ–ხანის სახით, რომელიც ირანის შაჰობაზეც კი აცხადებდა პრეტენზიას. 1751 წელს ყირბულახთან (ერევნის მახლობლად) ერეკლემ 3 ათასი ქართველით 18 ათასიანი მტრის ჯარი დაამარცხა. აზატ–ხანმა ზავი ითხოვა. 1752 წელს განჯასთან ბრძოლაში აჯი–ჩალაბმა ქართველები კვლავ დაამარცხა. ამ მარცხმა
თეიმურაზისა და ერეკლეს ავტორიტეტი შეარყია. საჭირო იყო გადამწყვეტი ღონისძიებების გატარება: გაიგზავნა ელჩობა რუსეთში, დაიქირავეს ჩერქეზთა ჯარი. მართალია, რუსეთმა დახმარებაზე თავი შეიკავა, მაგრამ, მიუხედავად ამისა, 1752 წლის სექტემბერში აჯი–ჩალაბი სასტიკად დამარცხდა. მიღწეული წარმატებების ფონზე გადაუჭრელი რჩებოდა „ლეკიანობის“ პრობლემა. ნურსალ–ბეგის მეთაურობით წარმართული ორი ბრძოლა მჭადიჯვართან და ყვარელთან დაღესტნელთა სასტიკი მარცხით დამთავრდა და ამან კახეთის მოსახლეობას ლეკთა თარეშისაგან ამოსუნთქვის საშუალება მისცა. მიუხედავად ამისა, ქართლ–კახეთს ძლიერი მოკავშირე სჭირდებოდა, რომ მიღწეული შეენარჩუნებინათ. ამ მიზნით, თეიმურაზ II რუსეთში გაემგზავრა, სადაც მალევე, 1762 წელს გარდაიცვალა. ერეკლემ ქართლ–კახეთი გააერთიანა და მას შემდეგ, რაც ირანის შაჰს ქერიმ–ხან ზენდს მისი მეტოქე აზატ–ხანი დატყვევებული გაუგზავნა, მეფობა დაიმტკიცა. მეფის მტკიცე ხელი, ქსნისა და არაგვის საერისთავოების გაუქმება, ბატონყმური ურთიერთობების რეგლამენტაცია, თავადთა შორის უკმაყოფილებას იწვევდა. მათ გადაწყვიტეს მეფის წინააღმდეგ შეთქმულების მოწყობა და ტახტზე ვახტანგVI-ის უკანონო შვილის - პაატა ბატონიშვილის დასმა, მაგრამ შეთქმულება გამჟღავნდა და ერეკლემ დარბაზის საგანგებო სხდომა მოიწვია, რომელმაც დამნაშავეს სასტიკი განაჩენი გამოუტანა. მკაცრი სასჯელი მაგალითი უნდა ყოფილიყო მეფის მოწინააღმდეგეებისათვის.

ერეკლე II ენერგიულ ღონისძიებებს მიმართავდა მრეწველობის და კულტურის განვითარებისათვის, რის შედეგადაც გაჩნდა ფაბრიკები და ქარხნები (შაქრის, მინის, შალის, იარაღის), სამთამადნო წარმოება (სპილენძის, ოქრო-ვერცხლის, თუჯის, რკინის); მანვე განაახლა ზარაფხანა, დააარსა სემინარიები; მეფის ირგვლივ შეიკრიბა განათლებისა და კულტურის მოღვაწეთა დასი, გახშირდა წიგნების ბეჭდვა.

1768 წელს დაიწყო რუსეთ–თურქეთის ომი. ერეკლემ გადაწყვიტა ესარგებლა ამით და თურქეთისგან მიტაცებული მიწები დაებრუნებინა, ამიტომ რუსეთის ჯართან ერთად, რომელსაც გენერალი ტოტლებენი სარდლობდა, ახალციხისკენ დაიძრა, თუმცა 1770 წლის 19 აპრილს ასპინძის ციხესთან ტოტლებენმა მიატოვა ერეკლე და ქართლში დაბრუნდა. ერეკლემ მარტომ შეძლო მტრის დამარცხება, მაგრამ იძულებული გახდა თავადაც ქართლში დაბრუნებულიყო. ამის მიზეზი გენერლის საქმიანობა გახლდათ, რომელიც დაუკავშირდა ერეკლეს მოწინააღმდეგე თავადებს, დაიწყო ციხეების დაკავება და რუსეთის იმპერატორის ერთგულებაზე ხალხის იძულებით დაფიცება. ერეკლემ აღკვეთა მისი ქმედება, თუმცა საეჭვოა, რომ ტოტლებენის მთელი ეს საქმიანობა მხოლოდ მისი პირადი ინიციატივა ყოფილიყო. უშედეგოდ დამთავრდა 1772 წელს კათოლიკოს ანტონ I–სა და მეფის ძის, ლევან ბატონიშვილის რუსეთში ელჩობაც. რუსეთის ჯარის საქართველოში ყოფნამ არანაირი სარგებელი არ მოუტანა ქვეყანას, თუმცა ერეკლე მიხვდა რეგულარული ჯარის მნიშვნელობას და 1774 წელს გადაწყვეტილება მიიღო მორიგე ჯარის შექმნის შესახებ. მეფის ამ ინიციატივას სათავეში ჩაუდგა ლევან ბატონიშვილი, მაგრამ 1781 წელს იგი მოულოდნელად გარდაიცვალა. უფლისწულის გარდაცვალებამ, შექმნილმა მძიმე საგარეო პოლიტიკამ, ერეკლე მიიყვანა იმ გადაწყვეტილებამდე, რომ საბოლოოდ დაკავშირებოდა რუსეთის იმპერიას. რუსეთი, თავის მხრივ, უაღრესად დაინტერესებული იყო ამ საკითხით, თუმცა რუსეთის დიპლომატიამ საქმე ისე წარმოაჩინა, რომ ხელშეკრულების ინიციატორი ერეკლე იყო. 1783 წლის 24 ივლისს ჩრდილო–კავკასიის ციხესიმაგრე გეორგიევსკში მფარველობით ტრაქტატს მოეწერა ხელი. იგი ითვალისწინებდა ბაგრატიონთა ტახტის შენარჩუნებას, საქართველოს საშინაო საქმეებში ჩაურევლობასა და ომიანობის შემთხვევაში მის დახმარებას, მაგრამ რუსეთი არც მაშინ დახმარებია საქართველოს, როცა 1783 წელს ომარ–ხანი შემოესია და არც მაშინ, როცა აღა–მაჰმად–ხანმა კრწანისის ბრძოლაში სასტიკად დაამარცხა ქართველები და თბილისი გადაწვა. 75 წლის მეფე თავგანწირვით იბრძოდა კრწანისში, შვილიშვილებმა იგი ძლივს გაარიდეს ბრძოლის ველს. მარცხმა მძიმედ იმოქმედა როგორც პირადად მეფეზე, ასევე მის სამეფოზეც. 1789 წლის 11 იანვარს ერეკლე II თელავში, თავის სასახლეში, იმ ოთახში გარდაიცვალა, რომელშიც დაიბადა. ქართველმა ერმა მისი ცხედარი სვეტიცხოველში დაკრძალა.